哥特式教堂设计的两种最常见的彩色玻璃窗，自然是高大的矛形柳叶窗和圆形玫瑰花窗，玫瑰花窗一词大约是在17世纪发明的，因为这种当窗户是圆形的，其层状辐射板的外观类似于开放的玫瑰花，在赋予这些窗户以此称号之前，它们被称为轮形窗

彩绘玻璃镶嵌画在罗马式时期已开始使用，但由于该建筑的窗户面积较小，因此没有明显的装饰效果；当圣德尼教堂开始建造时，窗户的面积大大增加，这是因为苏热要求教堂内有连续的彩色光线，玻璃画便成为哥特式艺术的组成部分
彩绘玻璃，随着欧洲中世纪教堂的发展而兴盛，浓墨重彩且肃穆，以纯手绘经低温烤制而成。随着技术的发展，现在多使用电脑作图，印刷设备进行绘制。
教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
沙特尔大教堂的玻璃装饰是哥特式的典型，彩绘玻璃极大地增强了教堂建筑的和谐与神秘的效果，也是至今保存得最完整的彩绘玻璃画之一，以深蓝和深红为基本色调，内射入一道紫色的光
彩色玻璃窗的使用在12世纪中叶得到了普及，圣丹尼斯的修道院院长苏格被称为“彩色玻璃之父”，因为是他首次概念化地使用彩色玻璃窗来创造一种“天堂之光”，被视为上帝在教堂中的存在